开启二周目的首要条件是完成一周目主线剧情并击败四大天王及冠军。通关后读取存档时，系统会自动将玩家传送至真新镇的家门前，大木博士会主动出现并询问图鉴收集情况。若已收录60种以上宝可梦，博士会协助升级为全国图鉴模式，这是触发后续七岛剧情的关键前提。未达标则需先补抓宝可梦，建议提前在关都地区完成基础收集。
升级图鉴后需前往精灵联盟尝试挑战四天王，但会被提示冰系天王科拿外出。需从枯叶市码头乘船前往一岛，在岛屿网络中心与NPC对话得知修复通信机器需要红宝石。随后向右冲浪至灯火山，击败洞口两名火箭队成员后进入洞穴深处获取红宝石。将其交还网络中心NPC可获得彩虹通行证，解锁七岛之间的航行权限。
接下来的核心任务是寻找对应的蓝宝石。乘船前往四岛会遇见劲敌小茂但不会触发战斗，科拿的住所位于该岛右侧冰洞内，需攀瀑技能进入并协助其击败火箭队成员。根据线索转至五岛，在火箭队仓库外击败杂兵后，需从六岛的标记森林深处洞穴按特定顺序（上、左、右、下）坠落获取蓝宝石，但会被NPC抢走并留下仓库密码。返回五岛输入密码进入仓库，击败首领夺回蓝宝石。
最终将蓝宝石带回一岛网络中心完成设备修复，即可开启与宝石版的通信功能。可自由探索七岛，包括训练师塔等高难度区域。华蓝市洞口守卫会消失，进入后可挑战70级超梦。若未收服三神鸟，需分别前往无人发电厂、双子岛及岩山隧道深处捕捉闪电鸟、急冻鸟和火焰鸟。
